Najstarszym odnalezionym w naszym regonie grobem jest neolityczny pochówek z okresu nazywanego przez archeologów kulturą amfor kulistych (2700-2000 p.n.e.). Grób ten, odkryty pod Smoszewem, to najstarsze świadectwo kultury duchowej w naszych okolicach. W podkrotoszyńskich lasach zlokalizowano również około 120 prehistorycznych kurhanów, z których większość pochodzi z drugiego okresu epoki brązu (1450-1200 p.n.e.).
Pierwszy krotoszyński cmentarz znajdował się w okolicy kościółka pw. św. Marii Magdaleny w Starym Krotoszynie. Był on nieogrodzony, nie znamy jednak jego dokładnej lokalizacji i nie wiemy jak był duży. Fakt funkcjonowania w tym miejscu nekropolii (być może nawet od XIII stulecia) jest powiązany ze znajdującą się tam świątynią parafialną.
Prawdopodobnie od 1419 roku istniał cmentarz na obszarze dzisiejszego Małego Rynku, na północ od drewnianej wówczas świątyni pw. św. Ap. Piotra i Pawła. Cmentarz był ogrodzony i funkcjonował aż do lat 30-tych XVIII w., kiedy to pobudowano na jego miejscu gmach klasztoru dla zakonu trynitarzy (dzisiejsze muzeum). Część byłego cmentarza zagospodarowano wówczas na pochówki tutejszych zakonników. Nekropolię tę ostatecznie zlikwidowano w I połowie XIX wieku.
Jeszcze przed likwidacją cmentarza w centrum utworzono kolejną nekropolię – przy ufundowanym około 1572 r. kościółku szpitalnym pw. św. Fabiana i Sebastiana (św. Rocha). Założono ją po częściowym osuszeniu tamtejszych podmokłych gruntów. Otoczony ogrodzeniem cmentarz, pierwotnie znajdujący się poza miastem, służył do grzebania ofiar nader częstych w Krotoszynie epidemii, z czasem jednak stał się cmentarzem parafialnym krotoszyńskich katolików. Zlikwidowali go niemieccy okupanci w latach 1940-1942.
Od 1597 r. niewielki cmentarzyk znajdował się także w pobliżu kościoła pw. św. Jana Chrzciciela. Obok osób chowanych wewnątrz świątyni, przy jej gmachu zlokalizowana była również niewielka, ogrodzona murem nekropolia.
Od 1638 r. własny cmentarz przy dzisiejszej ul. Ostrowskiej miała mieszkająca w Krotoszynie społeczność żydowska. Ludność ta, napływająca do miasta prawdopodobnie od końca XV w., jeszcze w XVII stuleciu wybudowała również własną szkołę oraz synagogę. Pod koniec XVIII stulecia Żydzi stanowili niemal połowę mieszkańców miasta (żyła tu największa gmina żydowska w całym województwie kaliskim). Od połowy XIX w. następował stopniowy odpływ miejscowych Żydów, a po roku 1918 w Krotoszynie pozostawało jedynie kilka rodzin żydowskich. Cmentarz został zniszczony przez Niemców w latach 1940-1941.
Od XVII w. w Krotoszynie osiedlali się Niemcy, którzy uciekali przed prześladowaniami religijnymi doby wojny trzydziestoletniej. Jako w zdecydowanej większości ewangelicy, zapewne już w XVII, a na pewno na początku XVIII w. dysponowali własną, niewielką nekropolią, która znajdowała się we wsi Grzegorzew (obecnie okolice ul. Grzegorzewskiej i Gorzupskiej). Co ciekawe właśnie z tym cmentarzem związana jest znana legenda „O niegrzecznym dziecku”. To miejsce spoczynku funkcjonowało aż do początku XX wieku. Warto w tym miejscu wspomnieć, że krotoszyńskich ewangelików początkowo grzebano często także na funkcjonującym do 1945 r. cmentarzu w pobliskim Konarzewie.
Bardziej znaną nekropolią ewangelicką był otoczony murem cmentarz przy ul. Rawickiej (tzw. cmentarz niemiecki), otwarty staraniem krotoszyńskiego pastora Georga Christiana Bockrodta w 1815 r. i funkcjonujący aż do roku 1945. W roku 1912 wybudowano w jego centralnym punkcie kaplicę, którą rozebrano w latach 60-tych. Od roku 2006 rozpoczęto stopniowo likwidację zdewastowanej w znacznej mierze nekropolii, a do dziś pozostały po niej między innymi fragmenty murów i bramy.
Ponadto w lesie, nieopodal zbiegu dzisiejszych ulic Sulmierzyckiej i Ostrowskiej, znajduje się także zbiorowa mogiła ofiar ostatniej epidemii cholery, jaka dotknęła Krotoszyn w roku 1868. Zmarłych pochowano we wspólnym grobie mającym kształt krzyża św. Antoniego (tau – litera „T”), na którym umieszczono nieistniejący już dziś krzyż z datą zarazy. W lesie przy ul. Sulmierzyckiej można znaleźć również nieco starszą mogiłę choleryczną.
Jeśli chodzi o współcześnie funkcjonujące nekropolie, to utworzenie cmentarza parafialnego przy ul. Raszkowskiej przygotowywano od 1895 r., a pierwsze pochówki pojawiły się na nim na początku XX stulecia (na pewno działał już w 1906). Od roku 1920 na cmentarzu wydzielono kwaterę wojskową. Nekropolia była trzykrotnie powiększana (w 1947, 1968 i 1977), a w roku 1977 krotoszyński magistrat wybudował obok cmentarza – przy ul. Lelewela kostnicę (do tej pory msze pogrzebowe odbywały się w drewnianym kościele pw. św. Fabiana i Sebastiana). Nekropolia znajduje się obecnie pod opieką parafii pw. św. Jana Chrzciciela w Krotoszynie.
Obecnie czeka na otwarcie nowy cmentarz – tym razem komunalny, który usytuowany ma być w Durzynie.
Przy okazji zamieszczamy w załączniku subiektywną listę wybranych, wybitnych mieszkańców naszego miasta, spoczywających na krotoszyńskim cmentarzu parafialnym. Dla ułatwienia zlokalizowaliśmy ich groby, których odszukanie nie sprawia już żadnej trudności dzięki stworzonej przez parafię pw. św. Jana Chrzciciela aplikacji: http://krotoszyn.artlookgallery.com/grobonet/start.php
Na podanej stronie w oddzielnej zakładce zlokalizowano również mogiły niektórych powstańców wielkopolskich.