Najstarsze ślady działalności człowieka na ziemi krotoszyńskiej liczą sobie ponad 10 tysięcy lat, a pierwsze w naszym regionie osady zaczęły pojawiać się około 6 tysięcy lat temu. Liczne znaleziska archeologiczne pozwalają nam jedynie domyślać się, czym zajmowali się ówcześni mieszkańcy okolicznych osad. Nic nie wiemy na temat ich wierzeń, struktury społecznej i politycznej oraz nie znamy języka, którym się posługiwali. Ponadto datacja tychże znalezisk jest czasami bardzo szeroka i obejmuje, szczególnie w przypadku najstarszych pozostałości, całe tysiąclecia. To wszystko sprawia, że historia naszego regionu aż do czasu pojawienia się na tym obszarze państwowości piastowskiej ginie w pomroce dziejowej.
Sytuacja zmieniła się w momencie powstania polskiej struktury politycznej. Wraz z przyjęciem chrztu i napływem wykształconych duchownych pojawiło się pismo, dzięki któremu dzieje naszego kraju stawały się coraz bardziej jasne. Źródeł pisanych przybywało z każdym dziesięcioleciem i, mimo że początkowo nie dotyczyły one bezpośrednio naszego regionu, potrafimy w zestawieniu z pozostałościami archeologicznymi odnieść je do okolic dzisiejszego Krotoszyna. Tak jest na przykład z opisywanym w średniowiecznych kronikach najazdem Brzetysława I z 1038 r. Choć żadne ze wspomnianych źródeł nie odnosi się bezpośrednio do okolic Krotoszyna, to znamy mniej więcej trasę najazdu czeskiego księcia, a źródła archeologiczne wskazują, że wszystkie okoliczne grody zostały spalone właśnie na początku XI stulecia. To jasno sugeruje „wizytę” wojsk Brzetysława w naszym regionie.
Odbudową kraju i okolicznej administracji po pogańskiej rewolcie i czeskim najeździe zajął się książę Kazimierz Odnowiciel. To prawdopodobnie wówczas powstała osada w Starym Krotoszynie, uposażona w okresie rozbicia dzielnicowego (XII-XIII w.) w parafię i drewniany kościółek p.w. św. Marii Magdaleny. Wtedy też rozwinęło się wiele istniejących do dziś, okolicznych miejscowości, które wraz z nadaniami feudalnymi, przechodziły w prywatne ręce rycerzy.
W XIII stuleciu pojawiły się pisane wzmianki na temat otaczających Krotoszyn miejscowości. Pierwszą wymienioną w dokumentach wsią jest Konarzew (1213 r.), a pierwsza miejska lokacja dotyczy Zdun (1267 r.). W 1241 r. źródła historyczne po raz pierwszy wspominają również o osadzie Banów (Bonów), która znajdowała się na terenie dzisiejszego Rynku, ul. Kaliskiej oraz części al. Powstańców Wielkopolskich. Sama nazwa „Crothoszino” pojawiła się dopiero w dokumencie z 1405 r., wraz z Oraczewicami – wsią, która znajdowała się w okolicach dzisiejszego Parku Wojska Polskiego oraz ul. Zdunowskiej.
W latach 1411-1414 Władysław Jagiełło nadał Wierzbięcie herbu Łodzia przywilej lokacyjny. Na jego podstawie rycerz bezskuteczne próbował założyć miasto w okolicy Starego Krotoszyna, dlatego król wystawił drugi dokument, na podstawie którego 25 lipca 1415 r. Wierzbięta ponownie lokował miasto – tym razem już skutecznie. Krotoszyn powstał na półwyspie, na południe od miejsca pierwszej, nieudanej lokacji. Miasto miało obejmować wspomniane wyżej wsie Banów oraz Oraczewice – w tej drugiej osadzie rycerz wybudował swój kasztel. Krotoszyn został założony zgodnie z zasadami prawa magdeburskiego – z centralnie wyznaczonym, prostokątnym rynkiem, od którego ulice rozchodziły się prostopadle. Kształt rynku nie zmienił się aż po dzień dzisiejszy.
Krotoszyn pierwotnie znajdował się w rękach Łodziów, jednakże już od połowy XV wieku współwłaścicielami miasta stali się Niewiescy herbu Pomian, powiązani z dziedzicami Krotoszyna poprzez małżeństwa. Na początku XVI stulecia zmarł ostatni dziedzic miasta z rodu Łodziów, dzięki czemu aż do roku 1570 Krotoszyn znajdował się w rękach Niewieskich. Okres rządów Łodziów i Niewieskich to czas tworzenia zrębów miasta. W niewielkim, mało znaczącym i ubogim miasteczku już w 1419 r. powstała parafia p.w. św. Ap. Piotra i Pawła wraz ze szkółką parafialną, wybudowano zapewne pierwszy – drewniany ratusz, powstał również pierwszy cech rzemieślniczy. Drewniana zabudowa sprzyjała jednak pożarom, a po największym z nich, w 1453 r., król Kazimierz Jagiellończyk musiał odnowić przywilej lokacyjny, na mocy którego ustanowiono cotygodniowe, wtorkowe targi oraz aż trzy jarmarki w roku. Od początku XVI stulecia do Krotoszyna zaczęli napływać Żydzi, którzy na początku wieku XVII założyli w mieście swoją gminę wyznaniową.
W latach 70-tych XVI wieku właścicielami Krotoszyna zostali Rozdrażewscy herbu Doliwa. Na czasy pierwszego z nich – Jana, przypada okres bujnego rozwoju miasta. Powstały wówczas pierwsze murowane gmachy (pałac i kościół p.w. św. Jana Chrzciciela), wybudowano kościół szpitalny (p.w. św. św. Fabiana i Sebastiana), nastąpił rozwój cechów oraz odnowiony został przywilej lokacyjny. Miasto stało się znaczącym w Wielkopolsce ośrodkiem handlowym (przez Krotoszyn prowadził szlak, którym przewożono sól z Małopolski przez Śląsk do Wielkopolski) i rzemieślniczym (głównie piwowarskim i tkackim). Następcy Jana Rozdrażewskiego starali się kontynuować politykę przodka, jednakże wystawny tryb życia oraz przetaczające się przez Rzeczpospolitą wojny doprowadziły zarówno ich, jak i samo miasto do ruiny. Przez Krotoszyn przeszła fala epidemii i pożarów, z których największy wznieciły wojska Karola Gustawa podczas szwedzkiego potopu. W pierwszej połowie XVII wieku w Krotoszynie pojawili się Niemcy – uciekinierzy szukający schronienia przed wojną trzydziestoletnią, a mieszkający w mieście Żydzi wybudowali pierwszą synagogę i szkołę oraz założyli własny cmentarz.
W latach 80-tych XVII wieku dobra krotoszyńskie trafiły w ręce Gałeckich herbu Junosza. Początek rządów pierwszego z nich – Franciszka Zygmunta, to okres odbudowy miasta po zniszczeniach wojennych oraz czas ponownego rozwoju Krotoszyna. Przebudowany został pałac i park, powstał murowany ratusz, dużą rolę zaczął odgrywać handel ze Śląskiem oraz rolnictwo. Zakładano nowe folwarki, trzebiono lasy pod nowe uprawy, a w stawach hodowano ryby. Niestety, na początku XVIII stulecia, w związku z wojną północną, Krotoszyn znalazł się na linii przemarszów wojsk polskich, saskich i moskiewskich, ponadto miasto ponownie zajęły wojska szwedzkie. Znaczne zniszczenia oraz epidemie spowodowały, że śmierć poniosła blisko połowa mieszkańców Krotoszyna.
Podupadłą fortunę Gałeckich nabył w 1725 r. Józef Potocki herbu Pilawa – jeden z najbogatszych magnatów ówczesnej Rzeczpospolitej. Mimo, że sam mieszkał poza Krotoszynem, podniósł miasto z upadku, szczególnie pod względem gospodarczym. Uregulował miejskie przepisy, zastąpił pańszczyznę czynszem, za pomocą ulg ściągał do Krotoszyna rzemieślników, ponadto sprowadził zakon trynitarzy oraz pierwszy w dziejach miasta garnizon wojskowy. W tym samym czasie wzrosła rola Krotoszyna jako ośrodka handlu zbożem i bydłem. Wdowa po Józefie Potockim – Ludwika ufundowała murowaną świątynię p.w. św. Ap. Piotra i Pawła oraz z własnych środków odrestaurowała spaloną wieżę ratuszową. Za jej rządów postawiono nowy drewniany kościół p.w. św. Marii Magdaleny. W tym czasie w Krotoszynie funkcjonowała największa w województwie gmina żydowska.
Koniec rządów Potockich to także okres ostatecznego upadku Rzeczpospolitej. Przez miasto przemaszerowały wojska moskiewskie, biorące udział w wojnie siedmioletniej, a na południe od Krotoszyna miała miejsce bitwa konfederatów barskich z Moskalami. Ponadto, tuż przed pierwszym rozbiorem, wojska pruskie miały podjąć jeszcze nieskuteczną próbę zajęcia miasta. Schyłek I Rzeczpospolitej to czas, kiedy Krotoszyn często przechodził z rąk do rąk. Wszyscy nabywcy okolicznych dóbr okazali się jednak figurantami, podstawianymi przez władze pruskie w celu praktycznego opanowania miasta jeszcze zanim oficjalnie przeszło ono, wraz z drugim rozbiorem, pod panowanie pruskie.
Okres zaborów, z krótką przerwą na czas wojen napoleońskich, to napływ do Krotoszyna Niemców, którzy jeszcze w pierwszej połowie XIX wieku osiągnęli stan liczbowy zbliżony do polskich i żydowskich mieszkańców miasta. Rząd pruski przekazał dobra krotoszyńskie książętom Thurn und Taxis z Ratyzbony, którzy utworzyli tu tzw. „Księstwo Krotoszyńskie”. Dla miasta rozpoczął się wówczas okres industrializacji. W tym czasie na szeroką skalę rozpoczęto także budowę domów murowanych, stąd duża część dzisiejszych, krotoszyńskich kamienic pochodzi z przełomu XIX i XX wieku. W reakcji na stopniowo postępującą germanizację Polacy rozpoczęli działalność niepodległościową. Aktywnie wzięli udział w wydarzeniach Wiosny Ludów, a podczas powstania styczniowego starali się przedostać do zaboru rosyjskiego, by wziąć udział w tym zrywie (warto tutaj wspomnieć krotoszynianina Mariana Langiewicza, który został dyktatorem tej insurekcji). W II połowie XIX stulecia polscy mieszkańcy Krotoszyna tworzyli liczne organizacje ekonomiczne, kulturalne, społeczne oraz sportowe, które za cel stawiały sobie między innymi budowanie świadomości narodowej wśród mieszkańców regionu.
Działalność niepodległościowa z okresu zaborów przyniosła plon 1 stycznia 1919 r. Wtedy to, podczas powstania wielkopolskiego, Krotoszyn został wyzwolony dzięki wsparciu pociągu pancernego, a półtora miesiąca później obroniony przed próbującymi ponownie zająć miasto wojskami niemieckimi. Krotoszyn wraz z całym regionem znalazł się wówczas w granicach II Rzeczypospolitej. Miasto miało charakter nadgraniczny, a szczególnie dobrze rozwijał się tu przemysł rolniczo – spożywczy. Rozwój ekonomiczny został jednak zahamowany na początku lat trzydziestych, w związku z wielkim kryzysem gospodarczym. W okresie międzywojennym Krotoszyn pozostał miastem garnizonowym, które szczególnie mocno związało się z tradycją stacjonującego tu najdłużej – 56. Pułku Piechoty Wielkopolskiej. Ten właśnie pułk stanął w obronie miasta 1 września 1939 r.
Okres okupacji hitlerowskiej to czas brutalnych represji na Polakach, których często wysiedlano do Generalnego Gubernatorstwa bądź wywożono do Niemiec – na roboty przymusowe. Okupanci zlikwidowali również polskie instytucje oraz przejęli polskie mienie. Niemcy zniszczyli niemal wszystkie przydrożne krzyże i kaplice, cmentarz (parafialny przy kościele p.w. św. św. Fabiana i Sebastiana oraz żydowski przy ul. Ostrowskiej) oraz świątynie (synagogę i kościół p.w. św. Izydora Oracza w Biadkach). W odpowiedzi na prześladowania krotoszynianie rozpoczęli działalność konspiracyjną – między innymi organizowano tajne nauczanie oraz angażowano się w struktury Armii Krajowej, które mimo fal aresztowań przetrwały do końca wojny. W styczniu 1945 r. żołnierze byłej już AK wykorzystali ofensywę Armii Czerwonej, by wyzwolić miasto spod niemieckiej okupacji.
Początkowy okres tzw. Polski Ludowej to siłowe instalowanie władzy komunistycznej, któremu odpór dawało kilka podziemnych oddziałów lokalnych „Żołnierzy Wyklętych”, a gdy ich zabrakło, walkę tę kontynuowały podziemne organizacje młodzieżowe, walczące między innymi z wszechobecną propagandą i cenzurą. Nowe władze znacjonalizowały przemysł oraz przystąpiły do intensywnej industrializacji miasta, rozbudowując istniejące już fabryki i tworząc nowe zakłady przemysłowe. Czasy PRL to także dwukrotny wzrost liczby mieszkańców Krotoszyna. Wybudowano wówczas szereg bloków mieszkalnych oraz utworzono nowe osiedla domków jednorodzinnych na obrzeżach miasta. Lata 80-te to działalność lokalnej „Solidarności”, przerwana przez wprowadzanie stanu wojennego i internowanie miejscowych liderów opozycji. Tuż przed upadkiem PRL krotoszyńscy opozycjoniści tworzyli Komitety Obywatelskie oraz reaktywowali lokalną „Solidarność”.
Dziś Krotoszyn jest siedzibą gminy i powiatu oraz ośrodkiem przemysłu maszynowego, lekkiego i spożywczego. Funkcjonuje tu wiele przedsiębiorstw oraz kilkanaście szkół. Działalność licznych organizacji pozarządowych świadczy o dużej aktywności mieszkańców miasta, między innymi w dziedzinie kultury, edukacji, profilaktyki, sportu i ochrony zdrowia. W Krotoszynie funkcjonują także samorządowe instytucje kultury (Krotoszyński Ośrodek Kultury, Muzeum Regionalne im. Hieronima Ławniczaka, Krotoszyńska Biblioteka Publiczna im. Arkadego Fiedlera) oraz Centrum Sportu i Rekreacji „Wodnik”. Krotoszyn współpracuje z wieloma miastami partnerskimi nie tylko z Europy, ale nawet z Dalekiego Wschodu.
